神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。

九州大陆，仙道昌盛，世人皆以拜入仙门为荣。然而界壁裂缝突现，有异界魔族开始偷偷潜入九州仙门。异界魔族潜入各大仙门后，试图逐渐执掌仙门权柄，企图颠覆九州大陆。剑仙牧勋携同道好友阻拦魔族入侵，却不幸中了魔族陷阱，被误以为是仙门叛徒。牧勋为寻找时机，找寻魔族潜伏的线索，决定隐其踪迹不再示人，并将其独子东方灏交由妻子之氏族抚养照顾。身负帝族血脉却灵根不显的东方灏，一直被同族视作庸人，备受欺凌；本是剑仙之后，却因其父被魔族陷害而命途坎坷的他，在危机时刻，毅然凭借不懈努力化险为夷，一步步走向证道成仙之路。太初秘境，昭武王都，东方灏义气挺身，多次救友人于危难之中。同时，东方灏也从未忘记去寻找失踪的父亲。驯蛟龙，争仙魄，修为不断提升的他立志找回父亲，并重新凝聚各大仙门，将魔族赶出九州大陆。

        雪王来到陌生都市，在这里结识了温柔的本地朋友来萌和神秘的“都市侠”冰冰。三人阴差阳错间，共同守护起城市中心的一处小摊。奇怪的是，每个路过的人似乎都带着亟待解决的烦恼，于是这支“临时小队”展开了边看摊、边替人排忧解难的日常——虽然方法天马行空，结局也时常跑偏，但总有欢笑与温情相伴而来。

林云转世到了天水国青云宗剑奴的身上，重生后，林云原本悟性极差的资质变得与众不同起来，一套猛虎拳后，竟直接突破到可以成为宗门外门弟子的武道三重。“一日为剑奴，终生为剑奴”，即使获得成为外门弟子的资质，林云依然被宗门其他弟子嘲笑，加上剑奴时期的林云对宗门的天之骄子苏子瑶有念想，此云泥之别更为同宗门弟子所嘲笑，而苏子瑶对林云的照顾也让其他弟子嫉妒。玄黄世界，实力为尊，重生后的林云努力和奇遇，成为内门弟子，并最终力挽狂澜帮助青云宗赢得天水国四大门派三年一度的比武大会，守住了灵脉，也收获了宗门的敬重。

瀛洲界内，诸子百家，唐诗宋词，皆有书灵。在《唐诗三百首》中醒来的书灵顾七绝，骑着《山海经》的神兽驳， 与为了养活自己和一群妹子而努力奋斗的乐五音一起踏上了一条寻找唤醒其他书灵的道路。

魔种白擎天之子，在圣玄宗弟子入门考核时觉醒无限顿悟系统，靠着故意引人嫉妒获得的顿悟机会，展现出逆天的天赋，但因为叛徒之子的身份，最后被上代圣子收为弟子。为获得顿悟机会，白墨总是故意和嫉恨自己的人行走一起，不停表现天赋引人嫉妒，修成各种强大的术法，获得前往麒麟秘境的资格。

一心寻妖的少年人吴道应，在厌倦了衙役的敷衍日常后，愤而离职，跟随青玄踏上了缉妖之路，并在后续和各路妖怪的交手中，逐渐突破自我、坚定信念，最终破除困境，用勇气和悲悯实现了个人的成长和对他人的拯救。 　　作品改编自小说《吴承恩捉妖记》。

黑教廷欲计划利用明珠主校区考核夺取莫凡身上的地圣泉。宇昂放出暗影妖兽的假消息设计莫凡，不料许昭霆却先落入埋伏。莫凡救下张璐璐，许昭霆却被与宇昂变成了黑畜妖，被迫向张璐璐动手。人性未泯的许昭霆提供了黑教廷蓝衣执事的线索。莫凡悲痛不已，决定先发制人。 莫凡将一滴地圣泉放在暗影妖兽体内，借此引蛇出洞，果不其然发现内鬼傅天明。众人不明真相，反而围攻莫凡。莫凡不慎掉入宇昂的陷阱，面对诅咒畜妖的攻击，却接到唐月命令要拖住宇昂的行动。原来蓝衣执事正在冒险逗留等待宇昂。再争取一些时间，审判员夜鹰就可实施抓捕。 拉锯战后，魔法阵消失，宇昂下令围绞莫凡。莫凡忍无可忍，释放玫炎气焰取得了胜利。宇昂见势逃离现场，身受重伤的莫凡却遭到了众人的污蔑。好在夜鹰及时出现真相大白。考核风波结束后，莫凡、赵满延等人被定为交换生，将去往帝都学府。两校展开切磋，莫凡展示出超强实力战胜穆宁雪...

萧炎，主人公，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。4岁就开始修炼斗之气，10岁拥有了九段斗之气，11岁突破十段斗之气，一跃成为家族百年来最年轻的斗者。然而在12岁那年，他却“丧失”了修炼能力，只拥有三段斗之气。整整三年时间，家族冷遇，旁人轻视，被未婚妻退婚……种种打击接踵而至。 就在他即将绝望的时候，一缕幽魂从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！萧炎重新成为家族年轻一辈中的佼佼者，受到众人的仰慕，他却不满足于此。为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的修炼级别……

元藏是天选伏魔师后人，十余年前魔族势力陆王手下的狐娇率兵前来为夺取大胜将伏魔师灭族，父亲临死前将幼年大胜与金箍棒托付给了自己的儿子元藏。逃走后的元藏继承了父亲遗志在人界降妖伏魔守护一方太平。大胜成年后两兄弟便踏上了为父复仇的道路，而在这过程中兄弟两遇到了仙界使者小八与阿沙，在得知神魔大战的故事和自身的宿命后，两兄弟与众人毅然决然结伴而行，踏上了寻找七十二元神碎片复活斗战胜佛的征程。