3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。 最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。 光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。 时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。 但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。 当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之巨人相遇了。 这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 跨越时空苏醒的光之巨人，其名为——特利迦奥特曼。
原田巧（内山昂辉 配音）似乎生来就要成为一名投手，在棒球运动上有着极大天赋的他一路走来收获了无数的赞美和荣誉。升入初中后，巧来到了风景秀丽民风淳朴的新田市，在那里，他即将开始初中生活。一次偶然中，一个名为永仓豪（畠中祐 配音）的男生，竟然接住了巧拼尽全力投出的球。两人的相遇让命运的齿轮开始了转动。 巧和豪双双加入了新田东中学棒球部，在那里认识了许多志同道合的朋友们——沉默寡言的队长海音寺一希（梅原裕一郎 配音）、温柔体贴的泽口文人（村濑步 配音）、自信满满的吉贞伸弘（齐藤壮马 配音）、不苟言笑的展西咏司（森岛秀太 配音）。
时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
