时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。这个部队是中岛中将为了对抗近代化列强诸国的情报战而创设，但眼下零机关的任务，是对应暗藏在东京的吸血鬼事件。被分配到此项工作的是──最强人类的前田义信大佐，国内等级最高的吸血鬼且机关新人栗栖秀太郎，智力是规格外的山上德一，从江户时代就存在至今的须和（暂译，原文スワ），喜爱未衰老大脑的疯狂科学家竹内（暂译，原文タケウチ）。──以上，是零机关实行部队的成员。不断增加的吸血鬼们，暗中行动的影子，神秘人工血液的存在，冷眼静观这些事态的是，虽然年龄超过300岁，外表却与小孩无异的S等级吸血鬼戴夫罗特（暂译，原文デフロット）。零机关今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。
